El Colegio de Santa María de la Regla y de los Santos Justo y Pastor, conocido como "de León", fue fundado por don Francisco de Truxillo, obispo de León y ex colegial de San Ildefonso, en el año 1586.

El Colegio Menor de San Patricio, más conocido como "de los Irlandeses" fue fundado, en 1645, para estudiantes de Teología de Irlanda, Flandes y Holanda.

El Colegio Menor de San José o de Clérigos Menores es conocido como Colegio de Caracciolos por haber sido fundado, el año 1508, por el que más tarde sería conocido como San Francisco Caracciolo, para albergar en él a los novicios que formaban parte de su orden.