Partidario de éste último, es famoso su libro "De moderno Ecclesiae schismate", que dedicó a Pedro el Ceremonioso de Aragón que mantenía una actitud neutral en el conflicto, en el que de forma contundente defendía que el verdadero papa era Clemente VII. Posteriormente, sería consejero y acompañante del Papa Luna.
Sin embargo, a partir de 1412, abandonó todo y se dedicó por entero a la labor misionera. Predicando el evangelio recorrió media Europa; Italia, Suiza, Francia y España.
Allá por el año 1416 pasa por Alcalá San Vicente Ferrer. Venía el santo de predicar por tierras de Guadalajara y se dirigía hacia Toledo a continuar su obra. Como en aquella época predicaba hasta dos veces al día y mucha era la comitiva que le acompañaba, que en ocasiones se acercó a las 10.000 almas, todo hacía pensar que haría parada en Alcalá de Henares donde, tras predicar, podría pedir limosnas y alimentos para su comitiva. Sin embargo, el santo, una vez llegó a las cercanías de la ciudad, se paró, miró a sus casas y dijo "Complutum puteus iniquitatum" (Alcalá, serás arrojada a un pozo). Dicho esto, continuó su camino rodeando la villa y sin detenerse en ella.
En aquella época era arzobispo don Pedro de Luna, sobrino del papa Benedicto XIII, también conocido como Papa Luna, y de todos era sabido que el santo era partidario del Papa español, por lo que aún más extrañó su actitud a los muchos que con él andaban.
Así quedaron las cosas y nadie se acordó de la afirmación de san Vicente Ferrer hasta que un siglo después, en septiembre de 1516, Alcalá sufrió una de las mayores inundaciones de su historia. Cuando la situación empezaba a ser crítica, un franciscano llamado fray Juan Gómez, quizás guiado por San Vicente Ferrer, salvó milagrosamente a la ciudad. El franciscano golpeó por tres veces el suelo del patio de su convento, el de san Diego, con una barra de hierro y, al momento, una gran sima se abrió. Ante el asombro de los vecinos, por ella se derramó todo el agua que ahogaba a la ciudad. Aquella gran boca se mantuvo allí por gran tiempo.