A los siete años de edad fue llevado a Cisneros (Palencia), donde vivía un tío suyo que pronto lo enviaría a la villa de Cuellar donde comenzaría a estudiar letras. Tres años después marcha a Alcalá para estudiar gramática. Posteriormente, pasa por la Universidad de Salamanca donde inicia estudios de Filosofía, Derecho Civil y Derecho Canónico. Para mantenerse se hizo pasante de estudiantes ricos.
Posteriormente, los negocios de su padre le llevan a Roma para hacer el seguimiento de un pleito de gran importancia. Allí pasaría siete años y, parece ser, que se ordenó de presbítero y obtuvo el empleo de abogado.
A la muerte de su padre, sobre 1466, regresa a España con un mandato de providendo, documento que le faculta para ocupar la primera plaza vacante que le interese. Elige el arciprestazgo de Uceda (Guadalajara), pero no lo obtiene, en principio, ya que el arzobispo de Toledo, don Alfonso Carrillo, lo reservaba para un familiar suyo. Ante las negativas de Cisneros a renunciar a sus derechos, será encarcelado, primero en el castillo de Uceda y luego en el de Santorcaz, hasta que finalmente es nombrado arcipreste de Uceda.
Al poco, obtiene la dignidad de capellán mayor del Cabildo de Sigüenza Guadalajara) bajo la protección de su amigo el cardenal Mendoza. En esta localidad estudiaría el hebreo y el griego.
En 1484 da un giro radical a su vida; renuncia a la capellanía mayor, reparte sus bienes entre los pobres y entra en el convento de Salceda donde toma los hábitos franciscanos. Enterado el provincial de la orden de sus grandes cualidades, lo envía a Toledo a continuar su noviciado en San Juan de los Reyes, donde profesó, en 1485, cambiando el nombre de Gonzalo por el de Francisco. Pasará después tres años en el Convento del Castañar haciendo vida de penitente, para volver luego a la Salceda donde fue primero guardián y luego provincial de la orden en Castilla.
En 1492, al ser designado el cardenal Mendoza para ocupar la sede de Toledo y por consejo suyo, es llamado por Isabel la católica para ocupar el puesto de confesor de la reina. A partir de ese momento comienza una intensa vida pública y pasa a ser protagonista de muchos de los acontecimientos de la época.
En 1495, por designación de la reina, es nombrado arzobispo de Toledo. Será desde esta dignidad desde la que realizará sus mayores empresas. Llevará a cabo la reforma de la orden franciscana con el apoyo del papa Alejandro VI y de Isabel la Católica (1495-1500). Será el responsable de la creación de la Universidad de Alcalá (1498), de la Biblia Políglota Complutense (1514-1517) y la reconstrucción de la antigua colegiata (1497-1514) y de la obtención por parte de ésta del título de "magistral"(1519).
En 1499 dirige una campaña de evangelización de los moros granadinos, siguiendo las directrices de la corte, que provocó el levantamiento entre los moros de Granada y de las Alpujarras.
A partir de 1504, tras la muerte de la reina, Cisneros ocupa un lugar de primer orden dentro de la escena política.
En 1505, media entre Fernando el Católico y Felipe el Hermoso y logra que se llegue a la Concordia de Salamanca (septiembre de 1505), claramente favorable al primero. Desaparecido Felipe, preside la junta de la regencia y consigue el inmediato regreso de Fernando a Castilla, servició que éste premió con el capelo cardenalicio y confiándole la Inquisición. En 1507 inicia la conquista del norte de África que él mismo financia y que llegó a dirigir personalmente (conquista de Orán en 1509).
Por disposición testamentaria de Fernando es nombrado, por segunda vez, regente en enero de 1516, a pesar de la fuerte oposición del partido flamenco que apoyaba la candidatura de Adriano de Utrech. Tuvo que enfrentarse con grandes problemas de orden interno; brotes revolucionarios en Baeza, Úbeda, Cuenca y Burgos; pleitos nobiliarios entre Pedro Girón y Juan Alonso de Guzmán, entre el duque de Alba y la villa de Huéscar; ligas nobiliarias capitaneadas por el condestable de Castilla, el conde de Benavente y los duques de Medinacelli, Alburquerque e Infantado; y las insidias de la corte de Carlos V. Pero su energía y sagacidad hicieron que salvara todas estas controversias e imponer el orden, organizando la llamada "gente de ordenanza" (milicia ciudadana) a la que se oponían Valladolid, Burgos y León.
En política exterior su suerte fue varia. El intento navarrofrancés de restablecer en el trono a Juan de Albert fue evitado certeramente. No le fue posible, sin embargo, repeler los ataques de Barbaroja en el norte de África. A América envió a tres religiosos jerónimos con instrucciones muy estrictas que propiciaran la reorganización de las colonias.
Muere el 8 de noviembre de 1517 cuando se dirigía al encuentro de Carlos V.